Durante la época de la conquista en 1524, Chilchota aparece como asentamiento de familias hispanas, donde más tarde se instala un corregimiento tributario y posteriormente, queda constituido en "República de Indios".
Por la Ley Territorial del año de 1831, se forma la municipalidad de Chilchota.
En 1939, aparece como parte del partido de Tlazazalca, junto con Penjamillo y Purépero. Al desaparecer la organización de los municipios por distritos, Chilchota formaba parte del exdistrito de Zamora.